في الأقصى 15 مدرسة، بني أغلبها في العهدين الأيوبي والمملوكي، وبعضها حديث النشأة.

ومن هذه المدارس:

ثانوية الأقصى الشرعية

تقع داخل الرواق الشمالي للمسجد الأقصى بين باب الأسباط ومئذنة الأسباط.

كانت عند إنشائها في مطلع ثمانينيات القرن العشرين ثانوية محضة، وهي اليوم مدرسة إعدادية وثانوية لطلبة الفرع الشرعي من الذكور.

مدارس رياض الأقصى الإسلامية

تقع في الرواق الشمالي للمسجد الأقصى بين بابي حطة والعتم.

كان جزء كبير منها يقع ضمن المدرسة الدوادارية (نسبة إلى بانيها وموقفها الأمير علم الدين سنجر الدوادار) عام 695هـ/1295م، ثم حولت إلى مدارس رياض الأقصى الإسلامية في مطلع ثمانينيات القرن العشرين.

المدرسة الباسطية

تقع فوق مدارس ورياض الأقصى الإسلامية.

خرّجت العديد من العلماء ودرس فيها العديد من الحفاظ ورواة الحديث والأطباء وعلماء الفلك والرياضيات.

المدرسة اليوم عبارة عن قسمين: واحد مأهول بجماعة من آل جار الله، والآخر يستعمل مقرًا للمدرسة البكرية الواقعة خارج المسجد الأقصى والتي هي اليوم مدرسة لتعليم المعاقين.

المدرسة المنجكية

تقع فوق باب الناظر في الرواق الغربي للأقصى، وفوقها قبة أنشأها الأمير سيف الدين منجك الناصري عام 763هـ/1361م، وهي عبارة عن طابقين.

استخدمت مقرًا للمجلس الإسلامي الأعلى في عهد الاحتلال البريطاني، وهي اليوم مقر دائرة الأوقاف الإسلامية بالقدس.

المدرسة العثمانية

تقع على السور الغربي للأقصى جنوبي باب المطهرة، ويرتفع البناء في طوابقه العليا إلى ما فوق باب المطهرة، ويمتد جنوبًا حتى يتصل بمبنى المدرسة الأشرفية.

المدرسة عبارة عن طابقين جلهما خارج المسجد الأقصى، ومسجد المدرسة بمستوى ساحات الأقصى ويطل عليها، وقد استولى عليه المستوطنون وأغلقوا شباكه بالحجارة، أما المدرسة فتستخدم حاليًا لسكنى العائلات المسلمة.

المدرسة التنكزية

تقع بين باب السلسلة شمالاً وحائط البراق المحتل جنوبًا، جزء منها داخل الرواق الغربي للمسجد الأقصى وجزء خارجه.

أنشأها وأوقفها نائب الشام الأمير سيف الدين تنكز الناصري (في العهد المملوكي) عام 729هـ/1328م، ونسبت إليه.

في العهد العثماني تحولت المدرسة إلى محكمة شرعية ومن هنا صارت تعرف باسم المحكمة، وبقيت كذلك حتى أوائل عهد الاحتلال البريطاني فاتخذها المجلس الإسلامي الأعلى دارًا للسكنى، ثم عادت بعد ذلك مدرسة لتعليم الفقه الإسلامي.

في عام 1969م، صادرتها سلطات الاحتلال، ثم حولتها إلى موقع عسكري لما يعرف بـ"حرس الحدود" الذين يشرفون منها على المسجد الأقصى، ويتدخلون لملاحقة المصلين والاعتداء عليهم عند اندلاع التظاهرات المندّدة بالاحتلال.

بحكم موقع المدرسة التنكزية الملاصق لحائط البراق المحتلّ، جرت تحتها حفريات صهيونية عديدة تحولت إلى أنفاق يعتقد أنها تنفذ إلى داخل الأقصى.